Newer
Older
# Hackathon inter-CATIs Sète 2021: Atelier Reproductibilité
lien vers le GITLAB PAGES : [https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/hackathon_octobre2021/atelier_repro/](https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/hackathon_octobre2021/atelier_repro/)
{% pdf title="Slides présentation de l'atelier", src="HackathonReproIntro_20210930.pdf", width="100%", height="550", link=false %}{% endpdf %}
- J1.Containers [Tous ensemble]
- J2.NextFlow
- J2.SnakeMake
- J3 Hands-On
Conda
- intérêt :
- fixer les environnements
- fixer les versions
- traçabilité avec fichier de conf yml.
- problèmes:
- channels
- résolutions de dépendances
- conflits d'environnements
Singularity
- intérêt :
- portabilité
- droits utilisateurs (vs. docker)
- problèmes:
- choix de la base
- versions singularity
Live Tuto
Construire une image singularity à partir de configurations Conda
Présentation
- intérêt:
- réutilisabilité
- optimisation de l'utilisation des ressources de calcul
- communauté (nf-core)
- focus:
- syntaxe
- DSL2
- Efficacité/Réutilisabilité/Lisibilité
- configurations
Live tuto
Mini pipeline
FastQC, mapping, comptage
Snakemake: discussion autour des bonnes pratiques (1h)
- Structuration du workflow
- Configurations (paramétrages, ressources de calcul (profile))
- Modularité (rules et workflows)
- Reporting
- Lisibilité/Traçabilité/Documentation
- Tests
- Portabilité et conteneurisation
- Optimisation (batch)
- Réutilisation et inspiration : catalogues de workflows
Pas de live tuto
Organisation des groupes de travail :
- identification des thématiques et délivrables (cf séance visio parallèle snakemake du 30/09)
- constitution des groupes en fonction du niveau des participants
- combinaison des 3 technos pour combiner traçabilité, portabilité et calcul
Travail en atelier:
- des groupes qui travaillent sur leur sujet
Prérequis pour l’atelier :
- mode --fakeroot sur genotoul vs. VM dédiée avec comptes nominatifs droits sudo
- [modulo le réseau] VM ou Laptop Linux avec
- singularity
- miniconda
- JAVA
- droits SUDO
- build SIF sur Forge ?
- On prévoit des images de base singularity déjà sur ces clusters au cas ou (salmon, R, …)