Taxonomic prediction misses a lot of names and strain names
"Lactococcus acidophilus""L. casei ASCC 290""L. acidophilus ATCC 4962""ATCC33200""ATCC 4356""ATCC 4461""L. plantarum ASCC 276"
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- Robert Bossy assigned to @robert.bossy
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- "Lactococcus acidophilus"
Ce taxon n'existe pas :/
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- Developer
heterotypic genbank synonym: Pseudomonas syringae pv. lachrymans (Smith and Bryan 1915) Young et al. 1978 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=53707&lvl=3&p=has_linkout&p=blast_url&p=genome_blast&lin=f&keep=1&srchmode=3&unlock
non reconnu dans "Analysis of cDNA library of Cucumis sativus L. challenged by Pseudomonas syringae pv. Lachrymans"
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sensibilité à la casse -> dorénavant la recherche sera insensible à la casse pour les premiers caractères de chaque mot
- Developer
Noms de souches reconnues à tort. Imposer que le nom de souche soit précédé du nom scientifique, au moins une fois dans le document, avant de tagger toutes les occurrences ?
Exemples :
A16 annoté par "Lactobacillus acidophilus DSM 9126" 887 hits
exemple : Hansenula polymorpha DL1 and A16
https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=A16#
VD3 annoté par Lactobacillus johnsonii.
10b annoté par Bacillus tequilensis (type strain)
Edited by Claire Nedellec Collapse replies - Author Owner
Issue dédiée: #86 (closed)
- Developer
Noms d'espèce et de souches non reconnus :
exemples : Lactobacillus johnsonii L531, Lactobacillus johnsonii BS15 -> annotés par Lactobacillus johnsonii https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=%22Lactobacillus+johnsonii%22+
Pour Leuconostoc gelidum A16 E. faecium A86 -> annoté par E. faecium et Lactobacillus acidophilus DSM 9126
Lactobacillus sakei Lb706 -> annoté par 'Lactobacillus'
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Ces souches ne sont répertoriés ni au NCBI, ni dans BacDive; ils ont été détectés par l'extension faite par Zorana, c'est pourquoi ils sont annotés par l'espèce.
- Developer
Reconnaître 'Tobacco Mosaic Virus' dans 'RNA-Directed Assembly of Tobacco Mosaic Virus (TMV)-Like Carriers with Tunable Fractions of Differently Addressable Coat Proteins' https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=%22Tobacco+mosaic+virus%22+%22Francisella+tularensis%22+day
Reconnaître 'tobacco mosaic virus' même avec t minuscule
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sensibilité à la casse -> dorénavant la recherche sera insensible à la casse pour les premiers caractères de chaque mot
- Robert Bossy changed the description
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- Robert Bossy mentioned in issue #86 (closed)
mentioned in issue #86 (closed)
- Author Owner
Tous les points sont résolus, sauf un qui fait l'objet d'une issue dédiée: #86 (closed)
- Robert Bossy closed
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