Taxonomic prediction misses a lot of names and strain names

https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=%22bacteria%22+lives+in+%22soy+beverage%22&n=50&s=0

• "Lactococcus acidophilus"
• "L. casei ASCC 290"
• "L. acidophilus ATCC 4962"
• "ATCC33200"
• "ATCC 4356"
• "ATCC 4461"
• "L. plantarum ASCC 276"

assigned to @robert.bossy

added Priority: High Status: To Do Topic: Predictions Topic: Resources labels

changed the description

• "Lactococcus acidophilus"

Ce taxon n'existe pas :/

added Status: In Progress label and removed Status: To Do label

heterotypic genbank synonym: Pseudomonas syringae pv. lachrymans (Smith and Bryan 1915) Young et al. 1978 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=53707&lvl=3&p=has_linkout&p=blast_url&p=genome_blast&lin=f&keep=1&srchmode=3&unlock

non reconnu dans "Analysis of cDNA library of Cucumis sativus L. challenged by Pseudomonas syringae pv. Lachrymans"

https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe/alvisir/webapi/search?q=%22Pseudomonas+syringae%22+lives+in+%7Bhabitat%7D/OBT:000001/OBT:000014/OBT:000039/OBT:000282/*+%22finger%22+pmid%3D19840927

sensibilité à la casse -> dorénavant la recherche sera insensible à la casse pour les premiers caractères de chaque mot

Noms de souches reconnues à tort. Imposer que le nom de souche soit précédé du nom scientifique, au moins une fois dans le document, avant de tagger toutes les occurrences ?

Exemples :

A16 annoté par "Lactobacillus acidophilus DSM 9126" 887 hits

exemple : Hansenula polymorpha DL1 and A16

https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=A16#

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VD3 annoté par Lactobacillus johnsonii.

10b annoté par Bacillus tequilensis (type strain)

Issue dédiée: #86 (closed)

Noms d'espèce et de souches non reconnus :

exemples : Lactobacillus johnsonii L531, Lactobacillus johnsonii BS15 -> annotés par Lactobacillus johnsonii https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=%22Lactobacillus+johnsonii%22+

Pour Leuconostoc gelidum A16 E. faecium A86 -> annoté par E. faecium et Lactobacillus acidophilus DSM 9126

Lactobacillus sakei Lb706 -> annoté par 'Lactobacillus'

Ces souches ne sont répertoriés ni au NCBI, ni dans BacDive; ils ont été détectés par l'extension faite par Zorana, c'est pourquoi ils sont annotés par l'espèce.

Reconnaître 'Tobacco Mosaic Virus' dans 'RNA-Directed Assembly of Tobacco Mosaic Virus (TMV)-Like Carriers with Tunable Fractions of Differently Addressable Coat Proteins' https://bibliome.migale.inrae.fr/omnicrobe-dev/alvisir/webapi/search?q=%22Tobacco+mosaic+virus%22+%22Francisella+tularensis%22+day

Reconnaître 'tobacco mosaic virus' même avec t minuscule

sensibilité à la casse -> dorénavant la recherche sera insensible à la casse pour les premiers caractères de chaque mot

changed the description

mentioned in issue #86 (closed)

Tous les points sont résolus, sauf un qui fait l'objet d'une issue dédiée: #86 (closed)

closed